जब एक सीएनसी प्रणाली सक्रिय होती है, तो वांछित कट्स को सॉफ्टवेयर में प्रोग्राम किया जाता है और संबंधित उपकरणों और मशीनों को निर्देशित किया जाता है, जो निर्दिष्ट आयामी कार्यों को पूरा करते हैं, बिल्कुल एक रोबोट की तरह।
सीएनसी प्रोग्रामिंग में, संख्यात्मक प्रणाली के भीतर कोड जनरेटर अक्सर त्रुटियों की संभावना के बावजूद तंत्र को दोषरहित मान लेगा, जो तब अधिक होता है जब एक सीएनसी मशीन को एक साथ एक से अधिक दिशाओं में काटने के लिए निर्देशित किया जाता है। संख्यात्मक नियंत्रण प्रणाली में एक उपकरण की नियुक्ति इनपुट की एक श्रृंखला द्वारा रेखांकित की जाती है जिसे भाग कार्यक्रम के रूप में जाना जाता है।
संख्यात्मक नियंत्रण मशीन के साथ, प्रोग्राम पंच कार्ड के माध्यम से इनपुट किए जाते हैं। इसके विपरीत, CNC मशीनों के लिए प्रोग्राम छोटे कीबोर्ड के माध्यम से कंप्यूटर को खिलाए जाते हैं। CNC प्रोग्रामिंग कंप्यूटर की मेमोरी में बनी रहती है। कोड को प्रोग्रामर द्वारा ही लिखा और संपादित किया जाता है। इसलिए, CNC सिस्टम कहीं अधिक विस्तृत कम्प्यूटेशनल क्षमता प्रदान करते हैं। सबसे अच्छी बात यह है कि CNC सिस्टम किसी भी तरह से स्थिर नहीं हैं क्योंकि संशोधित कोड के माध्यम से पहले से मौजूद प्रोग्राम में नए संकेत जोड़े जा सकते हैं।